Когда батарианское правительство заявило о своём намерении обсудить условия мира между батарианцами и Альянсом и направило на встречу с Советом Цитадели своего посла Джет’Амона, напряжение в галактике немедленно возросло.

В это время Джейкоб Тейлор, бывший пехотинец Альянса, проводил свой отпуск на борту пассажирского лайнера «Арктурианский Нефрит», который был атакован батарианскими террористами. Джейкоб схватил свою штурмовую винтовку, оставшуюся со времён его последней службы, и бросился в бой, защищая экипаж и пассажиров. После отражения атаки, капитан Реджинальд Тадж отблагодарил Джейкоба, предоставив ему право выбрать любые апартаменты на лайнере в личное пользование.

Джейкоб прибыл на Цитадель, где был встречен своим бывшим командиром, майором Дереком Изунами, который разыскивал Джейкоба. Ему нужен был человек для миссии в Немеанской Бездне, который не был бы скован рамками военной службы Альянсу. Он попросил Джейкоба встретиться в баре «Предел» на станции Картагена с Мирандой Лоусон, информатором, которая могла обладать информацией о недавней волне батарианских преступлений.

К моменту, когда прибыл Джейкоб, «Предел» был захвачен пиратами, руководимыми человеком по имени Клинт «Чёрный Глаз» Дарра. Джейкоб мог убедить его удалиться или сразиться с ним один на один. Как только пираты убрались, Джейкоб наконец встретил Миранду, которая наблюдала за конфликтом из бара.

Миранда объяснила, что батарианские экстремисты планируют атаковать Цитадель в день прибытия Джет’Амона и сорвать переговоры, убив его. Она дала Джейкобу три зацепки, с которых стоило начать расследование: продавец брони, работавший с батарианцами много лет, – турианец Илло Назарио на планете Тортуга; планета Бекке, где, как сообщалось, собиралась батарианская армия; и слух, что батарианцы похитили несколько учёных и держат их в плену на орбитальной платформе Ан’Кедар.

На Тортуге Джейкоб встретил друга Миранды, саларианца Иша, у которого были коды доступа к центру операций Назарио. Оказалось, что Назарио на протяжении нескольких недель не заключил ни одной сделки, что было очень подозрительно. Как только Джейкоб пробился сквозь сооружение, полное охранников-турианцев, его атаковал отряд батарианцев. Их лидер утверждал, что они пришли поговорить с Назарио. Джейкоб мог убедить их отступить или сразиться с ними.

Наконец Джейкоб добрался до Назарио, но тот оказался смертельно болен. Назарио рассказал Джейкобу, что батарианцы испытали на нём биологическое оружие. Человек и турианец заключили сделку: Джейкоб получит информацию о вирусе от Назарио, как только он найдёт для торговца вакцину от вируса.

Когда Джейкоб прибыл на орбитальную платформу Ан’Кедар, он немедленно заподозрил, что исследования, проводимые здесь, – всего лишь прикрытие. Батарианский бизнесмен бросил космопеху вызов, но прежде, чем он успел что-либо предпринять, появился кроган по имени Некс и принялся убивать батарианцев. Некс дал Джейкобу 5 секунд, чтобы «оправдать своё существование». Когда он досчитал до двух (либо когда его убедил Джейкоб), оба поняли, что у них одна цель: Джейкоб прилетел, чтобы спасти учёных, среди которых была Бата, азари и старый друг Некса, и именно чтобы спасти её кроган теперь зачищал сооружение.

Разделавшись с несколькими волнами батарианцев, включая их лидера, Джейкоб обнаружил учёного – доктора Хендрикса, который, похоже, был больше расстроен тем, что Джейкоб прервал их работу, нежели своим похищением и удержанием в плену. Хендрикс объяснил, что батарианцы стали жертвами ужасного заболевания, которое уже убило целые популяции. Этой болезнью, кровяной чумой, можно было заразиться лишь при её высокой концентрации, она имела очень короткий инкубационный период и стопроцентную вероятность летального исхода. Доктор сказал, что батарианцы привезли сюда учёных, чтобы они создали лекарство.

Как только Джейкоб убедил Хендрикса покинуть плафторму, он узнал, что прототип формулы лекарства – у Баты, которая находилась в другом комплексе. В тот же самый момент Некс прорвался через дверь с Батой на руках, под плотным огнём батарианцев. Джейкоб спас его и привёл на свой корабль.

Оказавшись на борту, Бата поведала, что все батарианские россказни о вирусе – ложь. Они всего лишь хотели убедить учёных создать лекарство от их оружия на основе вируса кровяной чумы. Команда осознала, что они должны доставить лекарство на Цитадель до того, как батарианцы нападут на неё. Однако в данный момент лекарства не было – был лишь прототип. Бате почти удалось создать полноценную вакцину, используя ресурсы медицинской лаборатории корабля, но ей потребовался последний ингредиент – большое количество неочищенного нулевого элемента.

Когда команда Джейкоба прибыла в дождливую шахтёрскую колонию Бекке, корабль немедленно попал под обстрел. В это время Миранда засекла странные сигналы, исходившие от планеты. Джейкоб с боем пробился на добывающий завод, где почувствовал себя плохо, у него закружилась голова – и всё из-за батарианского запаса, огромного количества нулевого элемента, хранящегося в ненадлежащих условиях. Чем ближе Джейкоб подбирался к скоплению элемента, тем сложнее ему становилось использовать свои биотические способности, но в то же самое время его силы становились гораздо мощнее. Как только Джейкоб перебил всех батарианцев на складе, Миранда убедила его покинуть завод поскорее, чтобы она успела захватить партию нулевого элемента. Бата потом использовала эту партию, чтобы закончить вакцину.

Вернувшись к Назарио, Джейкоб наконец смог подробней расспросить его. Он узнал от турианца, что истинная цель батарианцев – это Совет Цитадели, а не посол Джет’Амон, как он думал раньше. Понимая, что у Джейкоба находится его единственный шанс на выживание, Назарио также разоблачил Джет’Амона как лидера батарианских экстремистов собственной персоной, и что он намеревается заразить Совет вирусом во время мирных переговоров. Джейкоб и Миранда поспешили обратно на Цитадель, чтобы прервать встречу.

Джейкоб направился в Башню Цтадели, но всё выглядело спокойно. Его остановил офицер СБЦ, который на самом деле оказался батарианцем. Он рассказал, что они на корню истребили всю СБЦ. С боем пробившись к вершине башни, Джейкоб ворвался в зал Совета посреди речи посла, и Советник-азари спросила, по какому праву Джейкоб вторгся на заседание. Он же представил доказательства против Джет’Амона, и миролюбивое поведение посла рассеивалось на глазах по мере того, как Джейкоб выкладывал все детали его плана. Советник-азари извинилась, но сказала, что не станет рисковать Советом до тех пор, пока не будет уверена насчёт правдивости обвинений Джейкоба.

В ярости посол сказал, что вирус находится в его антигравитационном кресле, и выпустил его в Башне Цитадели прежде, чем улететь оттуда. Джейкоб велел всем спасаться, после чего занялся батарианскими отрядами и боевыми дронами посла. Когда же Джейкоб наконец победил Джет’Амона, тот сказал, что они с ним не такие уж и разные, так как оба готовы совершить многое, чтобы защитить свой народ. Джет’Амон поклялся отомстить Джейкобу и Совету, когда его уводили служащие СБЦ.

Когда Джейкоб продолжил свой отпуск на «Арктурианском Нефрите», он увидел репортаж об аресте Джет’Амона. Вдруг он услышал посторонний звук у себя за спиной. Он схватил свою винтовку, но тут же осознал, что таинственным нарушителем оказалась улыбающаяся Миранда с бутылкой шампанского.